Tanaman obat di kebun Merapi Farma Herbal Yogyakarta ditanam di tanah hitam dengan luas lahan yang dimiliki sebesar 2000 m2, maupun pemanfaatan lahan-lahan kosong yang ada di Merapi Farma Herbal. Penanaman dilakukan secara bedengan dan tumpangsari, secara bedengan disela bedengan diberi aliran air, sedangkan secara tumpangsari dikhususkan untuk tanaman bawang sabrang, iler, katuk dan kumis kucing.
Pemupukan dilakukan dengan menggunakan pupuk kompos yang dicampur dengan sisa pengolahan yang berupa ampas jamu. Selain itu dalam usaha menjaga kesuburan tanaman dilakukan penyiraman secara manual yang dilakukan dengan bergilir yaitu seminggu 2 kali penyiraman. Sumber air berasal dari bendungan di Sungai Kuning. Dalam usaha pencegahan hama dilakukan dengan pemberian pestisida alami yang berasal dari akar tanaman jamu yang ditumbuk.
Pembibitan dilakukan dengan cara stek dengan masa panen setiap tanaman berbeda-beda, paling cepat selama 3 (tiga) bulan. Setelah panenan usai, lahan akan diremajakan lagi dengan penggalian dan pemberian pupuk kandang.